PHÂN TÍCH TIN SINH HỌC
Phân tích và khai thác dữ liệu giải trình tự thế hệ mới đòi hỏi hệ thống máy tính chuyên dụng và đội ngũ phân tích chuyên môn. Với trang thiết bị mạnh mẽ và kinh nghiệm thực tế trên các nền tảng giải trình tự khác nhau, KTest cung cấp dịch vụ phân tích tin sinh học linh hoạt trong các lĩnh vực như phân tích hệ vi sinh môi trường (metagenomics), phân tích hệ gene sinh vật (genomics), phân tích hệ phiên mã (transcriptomics), ...
CÁC ỨNG DỤNG
Phân tích hệ vi sinh vật
-
Xác định thành phần và tỷ lệ các vi sinh vật hiện diện trong quần thể.
-
Xác định thành phần và tỷ lệ các gene kháng kháng sinh.
-
Dự đoán định thành phần và tỷ lệ các con đường biến dưỡng.
-
Nghiên cứu hệ vi sinh trong men vi sinh (probiotics).
Phân tích toàn bộ genome vi sinh
-
Lắp ráp và chú giải genome vi sinh vật.
-
Xác định MLST và xây dựng cây phát sinh loài.
-
Xác định serotype.
-
Các phân tích về tính kháng kháng sinh: thành phần gene kháng kháng sinh, gene cassette, plasmid, genomic island.
-
Xác định core genome của nhóm vi sinh và xây dựng cây phát sinh loài.
-
So sánh genome các loài theo yêu cầu.
Phân tích hệ phiên mã
-
Xác định mức độ biểu hiện gene, transcript đã biết và chưa biết.
-
Xác định mức độ biểu hiện SNP.
-
Xác định sự khác biệt mức độ biểu hiện gene.
-
Xác định sự khác biệt mức độ biểu hiện transcript.
-
Xác định sự khác biệt mức độ sử dụng transcript.
-
Chú giải chức năng gene theo các cơ sở dữ liệu: GO, OMIM, PFAM.
-
Phân tích các con đường biến dưỡng dựa trên cơ sở dữ liệu: MSigDB, KEGG (áp dụng cho người).
Phân tích bộ gene hoặc một số gene ở người
-
Xác định biến thể dòng mầm, biến thể soma dạng đột biến điểm, đột biến mất đoạn nhỏ hoặc đột biến CNV (copy number variants).
-
Chú giải biến thể theo các cơ sở dữ liệu: dbSNP, Clinvar, ExAC, gnomAD, GERP, dbNSFP, dbscSNV, PMKB, CIViC, Cosmic, PanelApp.
QUÝ KHÁCH SẼ NHẬN ĐƯỢC
Tùy thuộc vào yêu cầu cụ thể, quý khách sẽ nhận được những kết quả phân tích cũng như dịch vụ khác nhau. Dưới đây là một số kết quả hoặc dịch vụ quý khách có thể nhận được:
-
Báo cáo tóm tắt phương pháp, quy trình thực hiện.
-
Các kết quả phân tích theo yêu cầu của khách hàng,...
-
Tư vấn quy trình, kết quả và tham gia công bố kết quả nếu khách hàng có yêu cầu.
QUY TRÌNH CHUNG
1. Nhận yêu cầu và tư vấn
2. Thu nhận dữ liệu
3. Thực hiện phân tích
4. Trả kết quả và tư vấn
CÁC ĐỀ TÀI ĐÃ THỰC HIỆN
PHÂN TÍCH THÀNH PHẦN VI SINH TRONG NƯỚC AO NUÔI TÔM TẠI NINH THUẬN BẰNG GIẢI TRÌNH TỰ NANOPORE
Thành phần vi sinh nước ao tôm: 92% là vi khuẩn, 7% eukaryote, <1% là vi khuẩn cổ và virus, đặc biệt có sự hiện diện của WSSV phát hiện 0.01%, (Ct = 33); Vibrio parahaemolyticus: 0.03%. Nghiên cứu cũng xác định sự hiện diện của 1 số gene kháng kháng sinh nhóm tetracyline, beta lactam, sulfonamide, aminoglycoside.
