shutterstock_1417926962.jpg

GIẢI TRÌNH TỰ TOÀN BỘ BỘ GENE 

 

Giải trình tự toàn bộ bộ gene (Whole genome sequencing, viết tắt là WGS) là kỹ thuật cho phép xác định toàn bộ hoặc gần như toàn bộ trình tự DNA bộ gene và/hoặc DNA plasmid, DNA ty thể, DNA lục lạp của một sinh vật xác định. Kết quả cung cấp các thông tin về đặc điểm phân loại, di truyền, tiến hóa và dự đoán chức năng của sinh vật đó. Các thông tin này là một phần quan trọng trong các nghiên cứu y học, dịch tễ, sinh thái học và công nghệ sinh học. ​Trong lĩnh vực vi sinh, giải trình tự bộ gene là một công cụ thiết yếu để phát triển chủng và tối ưu hóa vi sinh vật được sử dụng làm nguyên liệu thực phẩm hoặc làm chủng sản xuất. 

CÁC DẠNG GIẢI TRÌNH TỰ BỘ GENE
 

WGS vi sinh vật

 

Giới thiệu:

WGS nhằm thu nhận toàn bộ trình tự bộ gene vi sinh vật, dữ liệu lớn cho phép phân tích nhiều đặc điểm bộ gene của vi sinh vật. 

DNA bộ gene của vi sinh vật được thu nhận và giải trình tự với độ phủ sâu, sau đó tiến hành lắp ráp để thu nhận bộ gene hoàn chỉnh hay bản thô, bao gồm cả DNA plasmid. Các phân tích tin sinh học có thể thực hiện ở mức cơ bản đến nâng cao để thu được các thông tin giá trị.

Nền tảng giải trình tự:

Illumina và/hoặc MinION (Oxford Nanopore), dung lượng giải phụ thuộc vào kích thước bộ gene.

Dữ liệu DNA thu được:

Toàn bộ trình tự DNA nhân và plasmid của vi sinh vật với độ phủ cao.

Kết quả nhận được:

- Kết quả lắp ghép và chú giải bộ gene

- Định danh loài dựa trên thông tin bộ gene

- Phân tích đặc điểm cụ thể: kháng kháng sinh, con đường biến dưỡng,...

Thời gian trả kết quả:

6-8 tuần

Shallow WGS

Giới thiệu:

Shallow WGS là kỹ thuật giải trình tự bộ gene với độ phủ thấp. Đây là phương án tối ưu về mặt chi phí cho các nghiên cứu định danh loài mới và phân tích các đặc điểm biến động di truyền nổi bật, mà không cho phép lắp ráp được bộ gene hoàn chỉnh. 

DNA bộ gene của sinh vật được thu nhận và giải trình tự với dung lượng thấp. So sánh dữ liệu trình tự thu được với các bộ dữ liệu để thu được thông tin định danh và phát hiện biến thể.

Nền tảng giải trình tự:

Illumina với dung lượng giải thấp, phụ thuộc vào kích thước bộ gene.

Dữ liệu DNA thu được:

Các trình tự DNA có tỷ lệ hiện diện cao trong mẫu. 

Kết quả nhận được:

- Định danh loài dựa trên thông tin bộ gene

- Phát hiện một số biến thể.

Thời gian trả kết quả:

6-8 tuần

Giải trình tự DNA ty thể

 

Giới thiệu:

DNA ty thể là DNA mạch đôi, dạng vòng. Bên cạnh mã hóa cho các chức năng quan trọng của ty thể, ở một số loài, DNA ty thể cho phép định danh, nghiên cứu bệnh và đa dạng sinh học. 

DNA ty thể được phân lập riêng và giải trình tự, hoặc giải WGS với dung lượng cao và sử dụng các công cụ tin sinh học thu nhận trình tự DNA ty thể. 

Nền tảng giải trình tự:

Illumina và/hoặc MinION (Oxford Nanopore), dung lượng giải phụ thuộc vào kích thước bộ gene.

Dữ liệu DNA thu được:

Toàn bộ DNA ty thể có độ phủ cao.

Kết quả nhận được:

- Định danh loài hoặc chủng.

- Nghiên cứu bệnh di truyền thông qua gene ty thể

- Nghiên cứu đa dạng sinh học.

Thời gian trả kết quả:

6-8 tuần

Giải trình tự DNA lục lạp

 

Giới thiệu:

Lục lạp là bào quan thiết yếu của thực vật. Bộ gene lục lạp độc lập với bộ gene nhân, có vai trò trong tổng hợp diệp lục. Bằng cách nghiên cứu bộ gene lục lạp, các nhà nghiên cứu có thể xác định đặc điểm sinh học, tiến hóa, định danh, đa dạng sinh học và lai giống,...

DNA lục lạp được phân lập riêng và giải trình tự, hoặc giải WGS với dung lượng cao và sử dụng các công cụ tin sinh học phát hiện DNA lục lạp. 

Nền tảng giải trình tự:

Illumina và/hoặc MinION (Oxford Nanopore), dung lượng giải phụ thuộc vào kích thước bộ gene.

Dữ liệu DNA thu được:

Toàn bộ DNA lục lạp có độ phủ cao.

Kết quả nhận được:

- Xác định đặc điểm sinh học.

- Định danh loài hoặc chủng.

- Nghiên cứu đa dạng sinh học, tiến hóa.

Thời gian trả kết quả:

6-8 tuần

1_Salmonella gà.jpg

QUÝ KHÁCH SẼ NHẬN ĐƯỢC
 

​Tùy thuộc vào yêu cầu cụ thể, quý khách sẽ nhận được những kết quả phân tích cũng như dịch vụ khác nhau. Dưới đây là một số kết quả hoặc dịch vụ quý khách có thể nhận được:

  • Kết quả định danh loài hoặc chủng theo phương pháp WGS

  • Bộ gene lắp ráp và chú giải tự động các gene.

  • Kết quả phân tích độ tương đồng nucleotide giữa bộ gene đang phân tích với các bộ gene đã có trong cơ sở dữ liệu.

  • Ngoài ra, chúng tôi cũng có thể thực hiện các phân tích khác, chuyên biệt hơn theo yêu cầu, như xác định phytogenetics, xác định các hệ gene chức năng,…

  • Báo cáo tóm tắt phương pháp, quy trình thực hiện.

  • Các kết quả phân tích khác theo yêu cầu khách hàng.

  • Tư vấn quy trình chuẩn bị mẫu, kết quả và tham gia công bố kết quả nếu khách hàng có yêu cầu.

QUY TRÌNH CHUNG
 

Untitled-2-01.png

1. Nhận yêu cầu và tư vấn

Untitled-2-02.png

2. Thu, nhận mẫu

Untitled-2-03.png

3. Tách chiết DNA/RNA

Untitled-2-04.png

4. Chuẩn bị thư viện

Untitled-2-05.png

5. Giải trình tự

Untitled-2-06.png

6. Phân tích dữ liệu

Untitled-2-07.png

7. Trả kết quả và tư vấn

MỘT SỐ ĐỀ TÀI ĐÃ THỰC HIỆN
 

ĐỊNH DANH VI KHUẨN GÂY BỆNH  XƠ ĐEN TRÊN MÍT SIÊU SỚM TẠI HẬU GIANG BẰNG SHALLOW WGS

 

Lắp ráp de novo đầy đủ trình tự 16S rRNA (~1400 bps) với độ phủ 23X, xác định loài vi khuẩn gây bệnh là Pantoea Stewartii.

1_mít.jpg

Hãy để lại lời nhắn hoặc liên hệ KTest để được tư vấn về công nghệ và chiến lược thực hiện