
Đề tài
Giải trình tự bộ gene
Mục tiêu:
Nhóm nghiên cứu cần xác định vi khuẩn gây bệnh xơ đen trên mít siêu sớm tại Hậu Giang, tuy nhiên chúng tôi không nhân bản thành công trình tự 16S rRNA của vi khuẩn này.
Cách tiếp cận:
Giải trình tự toàn bộ bộ gene vi khuẩn với độ phủ thấp (Shallow WGS, 10X) có thể xác định toàn bộ vùng trình tự 16S rRNA và các trình tự gene khác giúp cho việc định danh đến mức loài, đồng thời cung cấp các thông tin bộ gene vi khuẩn khác.
Kết quả:
Lắp ráp de novo đầy đủ trình tự 16S rRNA (~1400 bp) với độ phủ 23X, xác định loài vi khuẩn gây bệnh xơ đen trên mít siêu sớm là Pantoea Stewartii.
Công bố:
Nghiên cứu đã được công bố trên tạp chí http://www.khuyennonghaugiang.com.vn/Default.aspx?tabId=1441&ndid=4073

Hình: cây phytogenetic dựa trên trình tự đầy đủ chiều dài của gene 16s rRNA
Đơn vị hợp tác nghiên cứu: Trung tâm thông tin và ứng dụng KHCN Hậu Giang