THỦY HẢI SẢN
Hệ vi sinh môi trường nước rất đa dạng và có ảnh hưởng quan trọng trong nuôi trồng thủy hải sản. Tuy nhiên, hơn 98% hệ vi sinh ở động vật sống trong môi trường nước không nuôi cấy được. Từ đó mở ra cách tiếp cận mới để khám phá hệ sinh thái vi sinh vật trong nước và động vật sống ở nước thông qua công nghệ giải trình tự gene. Bên cạnh đó, kỹ thuật giải trình tự có thể hỗ trợ trong nghiên cứu đặc điểm di truyền của các loài thủy hải sản.
QUY TRÌNH CHUNG
Khảo sát ảnh hưởng của các điều kiện môi trường, canh tác lên hệ vi sinh vật trong nước và vật nuôi
Phát hiện tác nhân gây bệnh, đặc biệt có thể phát hiện tác nhân mới, gene kháng kháng sinh trong nuôi trồng; Đánh giá sự mất cân bằng hệ vi sinh
Khảo sát thành phần vi sinh trong thức ăn, probiotics và đánh giá ảnh hưởng của chúng trong nuôi trồng thủy hải sản
Nghiên cứu đặc điểm bộ gene của các loài vi khuẩn, virus tiềm năng hoặc gây bệnh
Nghiên cứu đa đạng di truyền, định danh phân tử các loài thủy hải sản nuôi trồng và trong tự nhiên
Ứng dụng kết hợp metagenomics và
các kỹ thuật khác
QUÝ KHÁCH SẼ NHẬN ĐƯỢC
Tùy thuộc vào yêu cầu cụ thể, quý khách sẽ nhận được những kết quả phân tích cũng như dịch vụ khác nhau. Dưới đây là một số kết quả hoặc dịch vụ quý khách có thể nhận được:
-
Kết quả phân tích thành phần các loài có trong mẫu với các chỉ tiêu: sự hiện diện và phân loại các loài, tỷ lệ các loài, độ da đạng,…
-
Kết quả so sánh thành phần loài ở các mẫu hay nhóm mẫu (nếu có nhiều mẫu).
-
Phân tích các gene chức năng (con đường biến dưỡng, gene kháng kháng sinh,…) nếu phân tích shotgun metagenomics.
-
Kết quả trình tự bộ gene, plasmid, ty thể; phân tích các gene chức năng; phân tích so sánh với bộ gene các loài họ hàng trên cơ sở dữ liệu nếu thực hiện giải trình tự toàn bộ bộ gene (whole genome sequencing).
-
Báo cáo tóm tắt phương pháp, quy trình thực hiện.
-
Các kết quả phân tích khác theo yêu cầu khách hàng.
-
Tư vấn quy trình chuẩn bị mẫu, kết quả và tham gia công bố kết quả nếu khách hàng có yêu cầu.
QUY TRÌNH CHUNG
1. Nhận yêu cầu và tư vấn
2. Thu, nhận mẫu
3. Tách chiết DNA/RNA
4. Chuẩn bị thư viện
5. Giải trình tự
6. Phân tích dữ liệu
7. Trả kết quả và tư vấn
MỘT SỐ ĐỀ TÀI ĐÃ THỰC HIỆN
PHÂN TÍCH THÀNH PHẦN VI SINH TRONG NƯỚC AO TÔM TẠI NINH THUẬN BẰNG NANOPORE
Thành phần vi sinh nước ao tôm: 92% là vi khuẩn, 7% eukaryote, <1% là vi khuẩn cổ và virus, đặc biệt có sự hiện diện của WSSV phát hiện 0.01%, (Ct = 33); Vibrio parahaemolyticus: 0.03%. Nghiên cứu cũng xác định sự hiện diện của 1 số gene kháng kháng sinh nhóm tetracyline, beta lactam, sulfonamide, aminoglycoside..
