Xác định nhanh thành phần và tỷ lệ hiện diện hệ vi sinh và xác định gene kháng kháng sinh trong nước ao tôm ở Ninh Thuận

Đề tài

Giải trình tự Metagenomics


Mục tiêu:

Xác định nhanh thành phần và tỷ lệ hiện diện hệ vi sinh và xác định gene kháng kháng sinh trong nước ao tôm ở Ninh Thuận


Cách tiếp cận:

DNA tổng số trong nước ao tôm được thu nhận và giải trình tự shotgun metagenomics bằng thiết bị di động MinION (ONT platform). Sau đó xác nhận một số tác nhân gây bệnh bằng qPCR.


Kết quả:

Thành phần vi sinh nước ao tôm: 92% là vi khuẩn, 7% eukaryote, <1% là vi khuẩn cổ và virus, đặc biệt có sự hiện diện của WSSV phát hiện 0.01%, (Ct = 33); Vibrio parahaemolyticus: 0.03%. Nghiên cứu cũng xác định sự hiện diện của 1 số gene kháng kháng sinh nhóm tetracyline, beta lactam, sulfonamide, aminoglycoside.


Công bố:

Nghiên cứu đã được công bố trên tạp chí https://doi.org/10.1016/j.dib.2020.105731

Untitled-1-03.jpg

Hình: Kết quả định danh các loài vi sinh vật trong mẫu nước ao tôm