CÂU HỎI THƯỜNG GẶP VỀ DỊCH VỤ GIẢI TRÌNH TỰ TẠI KTEST
- 10 thg 7
- 9 phút đọc
MỤC LỤC
Câu 1. Các dịch vụ NGS thực hiện tại KTest gồm những gì ?
Câu 3. Giải trình tự (GTT) đoạn dài là gì?
Câu 4. KTest có thể nhận làm dịch vụ và cung cấp ở các mức độ nào ?
Câu 5. KTest có trả dữ liệu thô giải trình tự không ?
Câu 6. Khách hàng yêu cầu dịch vụ KTest cần làm gì ?
Câu 7. KTest có cung cấp các thông tin về phương pháp thực hiện dịch vụ không ?
Câu 8. Kết quả phân tích được trả ở dạng gì và gửi đến khách hàng KTest như thế nào ?
Câu 9. KTest có trả kết quả bằng tiếng Anh được không ?
Câu 10. Chi phí cho các dịch vụ giải trình tự tại KTest ra sao ?
Câu 11. KTest có bảng kết quả mẫu (demo) cho các dịch vụ giải trình tự không ?
CÂU HỎI THƯỜNG GẶP VỀ DỊCH VỤ GIẢI TRÌNH TỰ VÀ CÂU TRẢ LỜI
Câu 1. Các dịch vụ NGS thực hiện tại KTest gồm những gì ?
Hiện tại, KTest đang cung cấp những dịch vụ phân tích thường quy sau đây:
1. Giải trình tự (GTT) bộ gene (WGS – Whole Genome Sequencing), với hai mức độ tuỳ chọn: giải và lắp ráp bộ gene thô hoặc giải và lắp ráp bộ gene hoàn chỉnh.
2. GTT metagenomics, với hai cách tiếp cận:
- 16S metabarcoding
- Shotgun metagenomics
Nội dung chi tiết như sau
1. GTT bộ gene vi sinh vật (vi khuẩn, virus, phage), bào quan (ty thể, lục lạp), sản phẩm PCR, plasmid. Có hai mức độ: lắp ráp bộ gene thô sử dụng GTT đoạn ngắn, và lắp ráp bộ gene hoàn chỉnh sử dụng GTT đoạn dài kết hợp với GTT đoạn ngắn.
Nền mẫu sử dụng là DNA tinh sạch hoặc khuẩn lạc đã phân lập/nuôi cấy, mẫu mô nhiễm virus, mẫu mô động vật/thực vật, sản phẩm PCR và plasmid tinh sạch.
Phân tích tin sinh học cơ bản gồm: lắp ráp và chú giải bộ gene, ở hai mức độ là bộ gene thô (GTT đoạn ngắn) và bộ gene hoàn chỉnh (GTT kết hợp đoạn ngắn và đoạn dài), định danh hoặc xác định tên Loài có mức tương đồng cao nhất với mẫu gửi.
Phân tích tin sinh học nâng cao gồm: định type bằng MLST, xây dựng cây phân loài, phát hiện gene kháng kháng sinh, gene độc lực, và một số phân tích nâng cao khác theo yêu cầu.
Xem chi tiết ở https://www.ktest.vn/gtt-bo-gene
2. GTT metagenomics : GTT toàn bộ DNA thu được từ một mẫu môi trường.
Nền mẫu là mẫu môi trường – đất, nước, không khí, mô (ruột, da, rễ, …), và nhiều nền mẫu khác.
Có hai cách tiếp cận chính:
- GTT amplicon: Phổ biến nhất là GTT gene 16S rRNA (16S metabarcoding) chỉ thị cho vi khuẩn, gene ITS chỉ thị cho nấm. DNA được nhân bản bằng PCR trên gene 16S rRNA và/hoặc gene ITS. Sản phẩm PCR sau đó được GTT đoạn ngắn hoặc đoạn dài.
Phân tích tin sinh học bao gồm: định danh các vi khuẩn (16S rRNA) và/hoặc nấm (ITS) hiện diện trong mẫu, thường đến mức Chi/Giống, xác định mức độ đa dạng sinh học của một mẫu (đa dạng alpha) và so sánh với mẫu khác (đa dạng beta), dự đoán chức năng (độ chính xác không cao)
- GTT shotgun metagenomics: Toàn bộ DNA được GTT trực tiếp, không qua nhân bản bằng PCR.
Phân tích tin sinh học bao gồm: Định danh vi sinh vật (vi khuẩn, virus, nấm, …) đến mức Loài hoặc dưới Loài (chủng), xác định mức độ đa dạng sinh học của một mẫu (đa dạng alpha) và so sánh với mẫu khác (đa dạng beta), phân tích chức năng (nhận diện các con đường chuyển hoá sinh học, các phân tử sinh học của một quá trình biến dưỡng, …), chỉ thị đặc trưng của mẫu (phân loài sinh vật, gene, con đường biến dưỡng), và một số phân tích nâng cao khác theo thoả thuận với khách hàng.
Xem chi tiết ở https://www.ktest.vn/gtt-metagenomics
Câu 2. Giải trình tự (GTT) Sanger và GTT DNA thế hệ II, III có gì khác biệt ? chúng được sử dụng trong những trường hợp nào ?
GTT DNA là công nghệ xác định trình tự bốn loại nucleotide A, C, G, T trên một đoạn DNA.
Theo thời gian xuất hiện và thông lượng giải, GTT DNA được chia thành GTT thế hệ I, II, và III. GTT Sanger (thế hệ I) cho phép giải trình tự lần lượt từng đoạn DNA với độ chính xác cao. GTT thông lượng cao gồm GTT thế hệ II (Next Generation Sequencing – NGS) và III (Third Generation Sequencing - TGS) có điểm chung là đều giải một số lượng lớn (nhiều triệu) đoạn DNA đồng thời. Do dữ liệu giải tạo ra rất nhiều nên GTT thông lượng cao cần những công cụ tin sinh học để xử lý và phân tích kết quả. Sự khác biệt giữa GTT II và III là do : (1) kích thước đoạn giải – đoạn ngắn (bp)) (thế hệ II) và đoạn dài (10Kb – 4Mb) (thế hệ III); (2) trình tự DNA được nhân bản bằng PCR trước khi giải (thế hệ II); hoặc giải trực tiếp DNA không qua bước nhân bản (thế hệ III). Thông thường độ chính xác của GTT thế hệ II cao hơn thế hệ III. Tính trên một nucleotide giải, chi phí của GTT thế hệ II và III thấp hơn từ 1000 đến 100 000 lần so với thế hệ [1] I. Tuy nhiên, để đạt mức chi phí thấp này, số lượng mẫu/trình tự cho một lần giải phải đạt đủ công suất của thiết bị giải.
GTT thế hệ I được sử dụng khi đối tượng cần giải là một hoặc vài trình tự DNA, yêu cầu độ chính xác cao, ví dụ xác định một hoặc vài biến thể di truyền có mang đột biến điểm. GTT thông lượng cao được sử dụng khi cần nghiên cứu trên một lượng lớn trình tự DNA; ví dụ khi cần định danh chính xác một sinh vật thông qua giải và lắp ráp bộ gene, hoặc nhận diện các vi sinh vật trong một mẫu bằng việc giải và lắp ráp mọi trình tự DNA trong mẫu, hoặc nghiên cứu biểu hiện gene của một mẫu sinh học từ việc giải trình tự toàn bộ RNA, … Một nền tảng của GTT thế hệ III, Oxford Nanopore Technologies (ONT), với thiết bị gọn, nhẹ, cơ động và GTT theo thời gian thực, có thể được sử dụng cho các nghiên cứu thu thập dữ liệu bên ngoài phòng thí nghiệm.
Tài liệu tham khảo:
1. https://academic.oup.com/nsr/article/7/6/1092/5711038
2. https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3937536/
Câu 3. Giải trình tự (GTT) đoạn dài là gì?
GTT đoạn dài hay GTT thế hệ III (Third Generation Sequencing - TGS) có những đặc điểm:
1. Đoạn DNA giải có kích thước lớn từ 10 – 20 kb đối với PacBio và 10 kb – 4 Mb đối với Oxford Nanopore Technologies (ONT)
2. GTT trực tiếp từng phân tử DNA không qua bước nhân bản PCR như với 16S metabarcoding
3. Có thể là hệ thống di động và cho phép theo dõi quá trình GTT theo thời gian thực như ONT
Với các đặc điểm nêu trên, GTT đoạn dài có thể:
1. Giải quyết được các vấn đề của GTT đoạn ngắn: (1) các vùng trình tự lặp lại dài gây khó khăn cho việc lắp ráp chính xác bộ gene, (2) các vùng trình tự giàu G+C khó giải, (3) các thay đổi cấu trúc lớn như mất/lặp/đảo đoạn trên bộ gene, (4) thực hiện được “haplotype phasing” để nhận biết nguồn gốc allele đến từ bố hay mẹ.
2. Nghiên cứu các thay đổi “di truyền biểu sinh” (epigenetics) như hiện tượng methyl hoá bằng cách GTT trực tiếp, không qua các bước biến đổi hoá học như khi GTT đoạn ngắn.
3. Có thể GTT ở ngoài phòng thí nghiệm với thời gian ngắn; và giải trực tiếp RNA không qua bước phiên mã ngược khi sử dụng ONT.
Hai hệ thống GTT đoạn dài phổ biến hiện nay là PacBio và ONT (Oxford Nanopore Technologies)
PacBio: https://www.pacb.com/
Câu 4. KTest có thể nhận làm dịch vụ và cung cấp ở các mức độ nào ?
KTest cung cấp dịch vụ trọn gói bao gồm tư vấn cách tiếp cận/nghiệm thức phù hợp với mục tiêu nghiên cứu, xử lý mẫu và tách chiết DNA/RNA, chuẩn bị và GTT, thực hiện các phân tích tin sinh học theo yêu cầu. KTest có thể hỗ trợ khách hàng một số nội dung (trực quan hóa kết quả, rút trích gene theo yêu cầu, đăng ký NCBI,…) theo yêu cầu sau khi có kết quả.
KTest cũng cung cấp dịch vụ từng phần theo nhu cầu khách hàng như nhận mẫu là DNA/RNA đã tách chiết hoặc chỉ cung cấp dữ liệu GTT thô.
Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest để được tư vấn tại https://www.ktest.vn/tu-van
Câu 5. KTest có trả dữ liệu thô giải trình tự không ?
Có. Phần lớn các dịch vụ KTest đều trả dữ liệu thô, trừ một số dịch vụ nhanh, đơn giản.
Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest để được tư vấn tại https://www.ktest.vn/tu-van
Câu 6. Khách hàng yêu cầu dịch vụ KTest cần làm gì ?
Quy trình dịch vụ của KTest gồm 9 bước như mô tả
Câu 7. KTest có cung cấp thông tin về phương pháp/kỹ thuật thực hiện dịch vụ không ?
Có. Các phương pháp thực nghiệm và công cụ phân tích tin sinh học được mô tả trong bản báo cáo kết quả gửi đến khách hàng.
“Báo cáo kết quả mẫu” sẽ được gửi đến khách hàng theo yêu cầu
Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest nếu quý khách cần thông tin bổ sung
Câu 8. Kết quả phân tích được trả ở dạng gì và gửi đến khách hàng KTest như thế nào ?
Khi thực hiện phần lớn các dịch vụ ở KTest, khách hàng có thể nhận được các kết quả sau:
Báo cáo kết quả thực nghiệm và phân tích tin sinh tổng hợp dạng file pdf. Báo cáo kết quả đã bao gồm các phương pháp sử dụng cho phân tích.
Các kết quả phân tích trung gian: file excel, hình ảnh, biểu đồ,…
Dữ liệu giải trình tự thô: file fastq, fasta
Các kết quả sẽ được chuyển đến khách hàng qua email. KTest có thể gửi bảng in báo cáo kết quả tổng hợp nếu khách hàng có nhu cầu (khách hàng chịu phí vận chuyển). KTest cũng có thể gửi dữ liệu trong USB/ổ cứng nếu khách hàng có nhu cầu (khách hàng trả phí USB/ổ cứng). Các dữ liệu liên quan sẽ tự động bị xóa trong vòng 1 tháng sau khi KTest chuyển kết quả cho khách hàng trừ khi có thỏa thuận khác.
Theo chính sách hỗ trợ khách hàng, trong vòng 1 tháng kể từ khi trả kết quả, KTest có thể sắp xếp 01 buổi gặp online (30 - 60 phút) để giải đáp các thắc mắc liên quan đến kết quả nếu khách hàng yêu cầu.
Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest nếu quý khách có vấn đề trong việc mở file kết quả, hoặc nếu có yêu cầu tổ chức buổi gặp online
Câu 9. KTest có trả kết quả bằng tiếng Anh được không ?
Có. Bảng kết quả thường quy của KTest là tiếng Vịệt, khi có yêu cầu bảng tiếng Anh KTest có thể trả bảng kết quả ở dạng tiếng Anh.
Câu 10. Chi phí cho các dịch vụ giải trình tự tại KTest ra sao ?
Chi phí dịch vụ phụ thuộc nhiều yếu tố như nền mẫu, số lượng mẫu, GTT đoạn ngắn hay dài, dung lượng, các yêu cầu về phân tích tin sinh học, …
Khách hàng có thể trải nghiệm GTT toàn bộ bộ gene vi khuẩn chỉ với 2,x triệu/mẫu; xác định thành phần hệ vi sinh môi trường chỉ với 2,x triệu/mẫu
Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest để nhận được tư vấn và báo giá phù hợp tại https://www.ktest.vn/tu-van
Câu 11. KTest có bảng kết quả mẫu (demo) cho các dịch vụ giải trình tự không ?
Có. Phần lớn các dịch vụ của KTest có các kết quả mẫu (demo) và giải thích kết quả.
Kết quả mẫu Metegenomics (phân tích hệ sinh vật trong mẫu): https://www.ktest.vn/gtt-metagenomics
Kết quả mẫu WGS: https://www.ktest.vn/gtt-bo-gene
Webinar và video giải thích report: https://www.youtube.com/@ktestscienceco.ltd.1429/featured
Liên hệ bộ phần CSKH KTest nếu quý khách cần thông tin bổ sung.
Bình luận