HƯỚNG DẪN CHUẨN BỊ MẪU METAGENOMICS

Bảng hướng dẫn này cung cấp các thông tin về yêu cầu mẫu, hướng dẫn chuẩn bị mẫu và các câu hỏi hường gặp khi thực hiện các dịch vụ giải trình tự Metagenomics (16S/ITS metabarcoding, shotgun metagenomics) ở KTest.

TUYÊN BỐ MIỄN TRỪ TRÁCH NHIỆM: Các yêu cầu được trình bày trong các trang tiếp theo nhằm đảm bảo mang lại kết quả tốt nhất có thể, đồng thời duy trì các tiêu chuẩn về chất lượng và hiệu suất của KTest. Những mẫu không đạt điều kiện tối ưu vẫn có thể được chấp nhận, nhưng có thể không đủ điều kiện để đáp ứng các tiêu chuẩn cam kết bàn giao. Ngay cả khi tất cả các điều kiện đã được đáp ứng, một số loại mẫu hoặc tình trạng cụ thể của mẫu vẫn có thể ảnh hưởng đến tỷ lệ thành công do những yếu tố nằm ngoài tầm kiểm soát của chúng tôi.

Trường hợp mẫu không đủ điều kiện yêu cầu, Quý khách vui lòng thảo luận với bộ phận Chăm sóc khách hàng (CSKH) của KTest để chọn phương án tốt nhất và chấp nhận rủi ro nhất định.

Nếu có bất kỳ câu hỏi nào, vui lòng liên hệ bộ phận CSKH của KTest.

MỤC LỤC

Câu 1. Thông tin địa chỉ, thời gian nhận mẫu

Câu 2. KTest sẽ HỦY MẪU khi nào ?

Câu 3. Quy trình dịch vụ gồm những bước nào ?

Câu 4. Tôi có thể yêu cầu phân tích mẫu có chứa tác nhân gây nhiễm hay không ?

Câu 5. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu DNA cho metagenomics

Câu 6. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu mô từ người, động vật, thực phẩm, chế phẩm, đất,...

Câu 7. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu đĩa khuẩn, nấm hỗn hợp

Câu 8. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu nước, các chất lỏng, màng lọc nước/không khí

Câu 9. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu thực vật (lá, rễ, thân), rong, tảo

Câu 10. Tôi có thể lấy lại mẫu dư sau dịch vụ không ?

Câu 11. KTest có dịch vụ thu gom mẫu hay đơn vị vận chuyển mẫu không ? 

CÁC CÂU HỎI VÀ HƯỚNG DẪN CHUẨN BỊ MẪU

Câu 1. Thông tin địa chỉ, thời gian nhận mẫu

• Thời gian nhận mẫu: Thứ 2 đến thứ 6, 7h30 - 17h00;

• Địa chỉ gửi mẫu đến: Số 17, Đường số 4, KDC Gia Hòa, Ấp 66, Xã Bình Hưng, Tp. Hồ Chí Minh.

• Số điện thoại: 028 221 332 54 – 091 50 332 54 (zalo)

• Đính kèm (bắt buộc): Phiếu yêu cầu dịch vụ, thông báo trước cho KTest trước khi gửi mẫu. Liên hệ bộ phận CSKH của KTest để được tư vấn và cung cấp mẫu phiếu yêu cầu dịch vụ.

Câu 2. KTest sẽ HỦY MẪU khi nào ?

KTest sẽ hủy mẫu trong các trường hợp sau:

1. Mẫu gửi đến KTest không có thông tin xác định danh tính (thiếu phiếu yêu cầu dịch vụ, không ghi tên, thông tin liên hệ người gửi).

2. Mẫu gửi đến ngoài thời gian làm việc của KTest có thể bị trả về.

3. Sau tối đa 2 tuần kể từ ngày nhận mẫu, KTest liên hệ khách hàng xác nhận dịch vụ và đặt cọc mà khách hàng không phải hồi/xác nhận.

4. Sau 30 ngày kể từ ngày trả kết quả.

5. Các mẫu có dấu hiệu nguy hiểm (mẫu bể vỡ, rò rĩ có nguy cơ lây nhiễm, độc hại,...) mà không được khách hàng báo trước.

6. Theo thỏa thuận với khách hàng.

Câu 3. Quy trình dịch vụ KTest gồm những bước nào ?

Quy trình dịch vụ của KTest gồm 9 bước như mô tả

Câu 4. Tôi có thể yêu cầu phân tích mẫu có chứa tác nhân gây nhiễm hay không ?

KTest có có thể xử lý một số nền mẫu chứa tác nhân gây nhiễm ở mức độ an toàn sinh học cấp 2. KTest không nhận mẫu bệnh phẩm chứa vi khuẩn, virus còn sống và được phân loại an toàn sinh học >2.

Nếu đối tượng cần phân tích là vi sinh vật gây bệnh, xin điền rõ thông tin vào Phiếu yêu cầu dịch vụ.

Câu 5. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu DNA cho metagenomics

• Việc xử lý mẫu ngay hoặc bảo quản trong các điều kiện thích hợp ngay sau khi thu mẫu (cấp đông, cho dung dịch bảo quản), giúp giữ trạng thái mẫu càng gần với thời điểm vừa thu mẫu nhất. Nếu không, kết quả sẽ phản ánh mẫu tại thời điểm mẫu đến KTest.

• Dịch vụ áp dụng: Giải trình tự (GTT) đoạn ngắn cho các dịch vụ shotgun metagenomics; GTT đoạn ngắn/dài cho dịch vụ 16S/ITS hệ vi khuẩn/vi nấm

Loại mẫu	Yêu cầu	Đóng gói – vận chuyển
DNA/sản phẩm PCR	- Nồng độ tối thiểu: 10 ng/µL; Thể tích mẫu tối thiểu: 50 µL; OD260/280 = 1.7-2.0; Cảm quan: mẫu không cặn, không nhớt, không đục, không màu. Gửi kèm 10 µL dung dịch hòa tan DNA.  - Mẫu bảo quản trong điều kiện đông (-20oC), vận chuyển trong điều kiện mát đến đông.  - Nếu sản phẩm PCR, ghi rõ kích thước sản phẩm (kèm hình điện di nếu có trong phiếu YCDV).  Lưu ý: KTest sẽ QC lại mẫu trên hệ thống đo Qubit, đối với các mẫu không tinh sạch (nhiễm RNA, protein,…), có thể có sự chênh lệch lớn. KTest khuyến cáo Quý khách tách chiết DNA bằng các kit có khuyến nghị sử dụng cho metagenomics.	- Vật chứa: Eppendorf/tube 1.5 hoặc 2mL sạch. Ghi rõ tên mẫu trên thân và nắp, tên trùng khớp với tên trên phiếu YCDV.  - Đậy kín nắp và quấn màng parafilm (nếu có) quanh miệng ống Eppendorf chứa mẫu. Để đảm bảo an toàn trong quá trình vận chuyển, nên đặt các ống Eppendorf vào trong ống Falcon 50mL hoặc để mỗi tube vào túi zip riêng biệt và chèn thêm giấy hoặc xốp để cố định. Cuối cùng, đóng gói mẫu vào thùng xốp kèm theo đá gel hoặc đá khô để bảo quản.  - Mẫu cần được vận chuyển hỏa tốc đến KTest trong 1-3 ngày, không nên quá 5 ngày.

Câu 6. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu mô từ người, động vật, thực phẩm, chế phẩm, đất,...

• Việc xử lý mẫu ngay hoặc bảo quản trong các điều kiện thích hợp ngay sau khi thu mẫu (cấp đông, cho dung dịch bảo quản), giúp giữ trạng thái mẫu càng gần với thời điểm vừa thu mẫu nhất. Nếu không, kết quả sẽ phản ánh mẫu tại thời điểm mẫu đến KTest.

• Dịch vụ áp dụng: Giải trình tự (GTT) đoạn ngắn cho các dịch vụ shotgun metagenomics; GTT đoạn ngắn/dài cho dịch vụ 16S/ITS hệ vi khuẩn/vi nấm

Loại mẫu	Yêu cầu	Đóng gói – vận chuyển
Mô, máu, phân, plasma, serum, que phết trên người – vật nuôi – thủy hải sản. Mẫu thực phẩm, chế phẩm vi sinh, đất, bùn, phân bón,…	- Lượng mẫu: dạng lỏng 2-3mL; dạng mô/mẫu rắn 1-3 g; 3-5 que phết/tăm bông. Các nền mẫu ít vi sinh lượng mẫu nên tăng gấp 2-3 lần.   - Mẫu có thể bảo quản mát/đông nếu vận chuyển ngay đến KTest trong vòng vài giờ sau thu mẫu; nếu không, phải trữ đông (<0oC, tốt nhất là -20oC đến -80oC) trước khi gửi, sau đó vận chuyển trong đá khô (ưu tiên) hoặc đá gel. Hoặc tùy theo khuyến cáo của dung dịch bảo quản sử dụng.     - Nếu mẫu được bảo quản trong các dung dịch bảo quản (DNA/RNA shield, RNAlater,…), vui lòng thông báo cho KTest loại dung dịch sử dụng để có xử lý phù hợp. Lưu ý: KTest khuyến cáo sử dụng DNA/RNA shield cho bảo quản mẫu vì có thể giữ mẫu ở nhiệt độ phòng trong 7 ngày và không cần loại bỏ dung dịch bảo quản khi cần tách chiết. KTest có thể cung cấp ống thu mẫu có chứa dung dịch DNA/RNA shield (có phí).	- Vật chứa: Falcon 15mL hoặc Eppendorf/tube 1.5 hoặc 2mL sạch hoặc các ống máu chuyên dụng. Ghi rõ tên mẫu trên thân và nắp, tên trùng khớp với tên trên phiếu YCDV. Ghi rõ tên vật chủ trong phiếu YCDV.  - Quấn parafilm kỹ quanh nắp. Để đảm bảo an toàn trong quá trình vận chuyển, nên đặt các ống trong thùng xốp có chèn thêm giấy hoặc xốp để cố định. Trong thùng cần kèm theo đá khô hoặc theo khuyến cáo của dung dịch bảo quản nếu sử dụng.  - Mẫu cần được vận chuyển hỏa tốc đến KTest trong 1-3 ngày, không nên quá 5 ngày.

Câu 7. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu đĩa khuẩn, nấm hỗn hợp

• Việc xử lý mẫu ngay hoặc bảo quản trong các điều kiện thích hợp ngay sau khi thu mẫu (cấp đông, cho dung dịch bảo quản), giúp giữ trạng thái mẫu càng gần với thời điểm vừa thu mẫu nhất. Nếu không, kết quả sẽ phản ánh mẫu tại thời điểm mẫu đến KTest.

• Dịch vụ áp dụng: Giải trình tự (GTT) đoạn ngắn cho các dịch vụ shotgun metagenomics; GTT đoạn ngắn/dài cho dịch vụ 16S/ITS hệ vi khuẩn/vi nấm

Loại mẫu	Yêu cầu	Đóng gói – vận chuyển
Đĩa khuẩn lạc/khuẩn ty; ống thạch nghiêng	- Đĩa khuẩn/nấm/vừa khuẩn vừa nấm hỗn hợp, mới nuôi cấy, có > 10 khuẩn lạc trên đĩa, nếu khuẩn lạc nhỏ >20 khuẩn lạc.  - Mẫu được bảo quản và vận chuyển ở điều kiện mát (4-15oC), không đông đá. Lưu ý: KTest sẽ cào để thu toàn bộ khuẩn lạc/khuẩn ty trên đĩa. Nếu chọn những phần nào của đĩa để làm vui lòng ghi chú rõ.	- Ghi rõ tên mẫu trên đĩa, tên trùng khớp với tên trên phiếu YCDV.  - Quấn parafilm kỹ quanh đĩa. Để đảm bảo an toàn trong quá trình vận chuyển, nên đặt các đĩa trong thùng xốp có chèn thêm giấy hoặc xốp để cố định. Tránh cho các đĩa tiếp xúc với nhau để hạn chế đĩa vỡ khi cọ vào nhau. Trong thùng cần kèm theo đá gel để bảo quản.  - Mẫu cần được vận chuyển hỏa tốc đến KTest trong 1-3 ngày, không nên quá 5 ngày.

Câu 8. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu nước, các chất lỏng, màng lọc nước/không khí

• Việc xử lý mẫu ngay hoặc bảo quản trong các điều kiện thích hợp ngay sau khi thu mẫu (cấp đông, cho dung dịch bảo quản), giúp giữ trạng thái mẫu càng gần với thời điểm vừa thu mẫu nhất. Nếu không, kết quả sẽ phản ánh mẫu tại thời điểm mẫu đến KTest.

• Dịch vụ áp dụng: Giải trình tự (GTT) đoạn ngắn cho các dịch vụ shotgun metagenomics; GTT đoạn ngắn/dài cho dịch vụ 16S/ITS hệ vi khuẩn/vi nấm

Loại mẫu	Yêu cầu	Đóng gói – vận chuyển
Nước/sản phẩm lỏng ít sinh khối	- Lượng mẫu nước: các mẫu nước thải, nước ao giàu sinh khối 30-50mL; các mẫu nước ao, nước sông không quá nhiều sinh khối 100-200mL, nước rất ít sinh khối (nước ngầm, nước uống, nước biển sâu,…) 0,5-4 L.  - Để thu sinh khối, bảo quản và vận chuyển tốt nhất, mẫu nước nên được ly tâm/lọc qua màng lọc thu sinh khối ngay. Lượng nước lọc/màng tùy theo loại nước, nên lọc ít nhất 2-3 màng (lượng nước/màng giống nhau) để dự phòng. Màng 0,2 µm hoặc 0,45 µm tùy mục tiêu.  - Nếu không có điều kiện lọc tại điểm thu mẫu, nên bảo quản mẫu trong điều kiện lạnh (thùng đá) và vận chuyển về phòng thí nghiệm/KTest trong ngày. - Nếu thời gian cần lâu hơn, mẫu/màng đã lọc cần để đông (<0oC, tốt nhất là -20oC đến -80oC) trước khi gửi, sau đó vận chuyển trong đá khô (ưu tiên) hoặc đá gel. Tuy nhiên, mẫu nước để đông, sau khi giải đông tách chiết DNA có chất lượng kém hơn.     Lưu ý: KTest có nhận lọc nước thu sinh khối (có phụ phí)	- Vật chứa: Falcon 50mL hoặc các chai/lọ sạch. Nước trong chai nếu đông lạnh thì không nên vượt quá vạch khuyến cáo của vật chứa hoặc không nên vượt quá ¾ vật chứa. Dung tích của vật chứa không nên vượt quá 500 – 1000mL. Nếu vượt quá mức này, KTest sẽ chuyển sang vật chứa tối đa mà KTest có (falcon50 mL) và loại bỏ phần mẫu thừa. Riêng đối với các mẫu buộc phải vượt quá mức trên (nước biển, nước giếng,...) cần thông báo cho KTest trước khi gửi mẫu đến nhằm sắp xếp không gian lưu trữ. Các mẫu nên được niêm phong bằng parafilm hoặc màng bọc thực phẩm tại phần nắp của vật chứa.  Ghi rõ tên mẫu trên thân và nắp, tên trùng khớp với tên trên phiếu YCDV. - Hạn chế tối thiểu vật chứa bằng thủy tinh  - Đậy nắp kín. Để đảm bảo an toàn trong quá trình vận chuyển, nên đặt các ống/chai trong thùng xốp có chèn thêm giấy hoặc xốp để cố định. Trong thùng cần kèm theo đá khô/gel.  - Mẫu cần được vận chuyển hỏa tốc đến KTest trong ngày (nước lỏng) hoặc 1-3 ngày, không nên quá 5 ngày.
Màng lọc	- Lượng mẫu: 2-3 màng. Màng lọc nước (tham khảo thông tin ở mẫu nước)  - Màng bảo quản để đông (<0oC, tốt nhất là -20oC đến -80oC) trước khi gửi, sau đó vận chuyển trong đá khô (ưu tiên) hoặc đá gel. Tuy nhiên, mẫu nước để đông, sau khi giải đông tách chiết DNA có chất lượng kém hơn.      Lưu ý: KTest có nhận lọc nước thu sinh khối (có phụ phí)	- Vật chứa: Falcon 50mL hoặc các chai/lọ sạch. Nước trong chai nếu đông lạnh thì không chứa quá đầy. Ghi rõ tên mẫu trên thân và nắp, tên trùng khớp với tên trên phiếu YCDV.   - Đậy nắp kín. Để đảm bảo an toàn trong quá trình vận chuyển, nên đặt các ống/chai trong thùng xốp có chèn thêm giấy hoặc xốp để cố định. Trong thùng cần kèm theo đá khô/gel.  - Mẫu cần được vận chuyển hỏa tốc đến KTest trong ngày (nước lỏng) hoặc 1-3 ngày, không nên quá 5 ngày.

Câu 9. Hướng dẫn chuẩn bị mẫu thực vật (lá, rễ, thân), rong, tảo

• Việc xử lý mẫu ngay hoặc bảo quản trong các điều kiện thích hợp ngay sau khi thu mẫu (cấp đông, cho dung dịch bảo quản), giúp giữ trạng thái mẫu càng gần với thời điểm vừa thu mẫu nhất. Nếu không, kết quả sẽ phản ánh mẫu tại thời điểm mẫu đến KTest.

• Dịch vụ áp dụng: Giải trình tự (GTT) đoạn ngắn cho các dịch vụ shotgun metagenomics; GTT đoạn ngắn/dài cho dịch vụ 16S/ITS hệ vi khuẩn/vi nấm

Loại mẫu	Yêu cầu	Đóng gói – vận chuyển
Lá cây, thân, rong, tảo (nhân thực)  - nghiên cứu vi sinh nội cộng sinh/vi sinh toàn phần trong mô	- Loại mẫu: chọn đúng phần mẫu cần phân tích, KTest sẽ trộn đều và lấy mẫu ngẫu nhiên để tách chiết DNA.  - Lượng mẫu: tối thiểu 3-5 g lá/rong/tảo tươi hoặc đã qua xử lý loại vi sinh bề mặt.  - Mẫu cần để đông (<0oC, tốt nhất là -20oC đến -80oC) trước khi gửi, sau đó vận chuyển trong đá khô. Lưu ý: KTest có thực hiện khử trùng vi sinh bề mặt lá theo quy trình thường quy (có tính phí), nhưng không bao gồm nuôi cấy vi sinh để kiểm tra.	- Vật chứa: túi zip hoặc falcon 50mL sạch. Ghi rõ tên mẫu trên túi/ống, tên trùng khớp với tên trên phiếu YCDV. Ghi rõ tên cây chủ, nhu cầu phân tích vi sinh toàn phần hay vi sinh nội cộng sinh vào phiếu YCDV.   - Để đảm bảo an toàn trong quá trình vận chuyển, nên đặt các mẫu/ống trong thùng xốp có chèn thêm giấy hoặc xốp để cố định. Trong thùng cần kèm theo đá khô để bảo quản.  - Mẫu cần được vận chuyển hỏa tốc đến KTest trong 1-3 ngày, không nên quá 5 ngày.

Câu 10. Tôi có thể lấy lại mẫu dư sau dịch vụ không ?

Có, nếu mẫu còn dư sau thí nghiệm và trong thời hạn lưu mẫu. Quý khách vui lòng ghi rõ trong phiếu yêu cầu dịch vụ hoặc thông báo cho bộ phận CSKH khi có yêu cầu. Nếu nhận lại mẫu, Quý khách vui lòng thanh toán phí đóng gói và vận chuyển mẫu.

Câu 11. KTest có dịch vụ thu gom mẫu hay đơn vị vận chuyển mẫu không ?

Rất tiếc, KTest hiện chỉ nhận mẫu tại công ty hoặc mẫu được gửi đến công ty. Quý khách có thể sử dụng các dịch vụ vận chuyển nhanh/hỏa tốc như ViettelPost, Grab, Giao hàng nhanh,...