KTest có dịch vụ tách chiết DNA, do đó KTest có thể nhận các mẫu thô (phage, dịch virus nuôi cấy, khuẩn lạc, lá, mô,...) hoặc mẫu DNA đã tách chiết, sản phẩm PCR, plasmid, ...

Vui lòng xem hướng dẫn chi tiết về yêu cầu mẫu, cách bảo quản, đóng gói và vận chuyển mẫu đến KTest ở link: https://l1nq.com/huongdanchuanbimauwgs

Tôi nên chọn phương pháp WGS vi khuẩn nào? Hãy cho biết sự khác biệt giữa 3 phương pháp giải đoạn ngắn (Short-read WGS), dài (Long-read WGS) và kết hợp (Hybrid WGS).

Lựa chọn phương pháp nào phụ thuộc vào mục tiêu, ngân sách và điều kiện thực tế của đề tài/dự án và mẫu.

Tiêu chí	WGS – giải đoạn ngắn	WGS – giải đoạn dài	WGS – hybrid (ngắn + dài)
Công nghệ giải	Giải 150 PE trên các công nghệ Illumina, MGI, Pacbio (ONSO), Genemind, Element Biosciences (Aviti), …	Oxford nanopore (ONT), Pacbio, …	Kết hợp 2 nền tảng
Kết quả bộ gene lắp ráp	Bộ gene phác thảo (draft genome) có nhiều contig, độ chính xác base cao	Khả năng thu được bộ gene hoàn chỉnh/gần hoàn chỉnh (complete genome/near complete genome), độ chính xác base thấp hơn giải đoạn ngắn.	Khả năng thu được bộ gene hoàn chỉnh/gần hoàn chỉnh (complete genome/near complete genome), độ chính xác base cao nhằm được tinh chỉnh bằng dữ liệu giải đoạn ngắn.
Ứng dụng	Định danh, định type, xác định đột biến SNP/indel nhỏ, tìm các gene mục tiêu cơ bản, phân tích core-genome SNP, xây dựng cây phát sinh loài, so sánh nhiều chủng.	Tìm kiếm đầy đủ các gene, xác định transposon, biến thể đảo đoạn, vùng lặp, hoặc các cấu trúc phức tạp mà short-read dễ bị đứt đoạn.	Phù hợp tất cả ứng dụng hướng đến bộ gene chất lượng cao, xây dựng bộ gene tham chiếu, phân tích sâu gene kháng, gene mục tiêu, các yếu tố di truyền di động, định vị chính xác gene trên plasmid/NST, kết quả phân tích hoàn chỉnh cao.
Chi phí (tham khảo)	Thấp nhất (khoảng 1,x – 2,x triệu/mẫu)	Trung bình (khoảng 5,x-8,x triệu/mẫu)	Cao nhất (khoảng ≥10,x triệu/mẫu)
Thời gian (tách chiết – tin sinh)	3-6 tuần	2-3 tuần, có thể rút ngắn trong 5 ngày với ONT.	4-6 tuần
Yêu cầu mẫu	Đĩa khuẩn lạc/DNA	Canh khuẩn/DNA với nồng độ, độ tinh sạch và nguyên vẹn cao	Canh khuẩn/DNA với nồng độ và độ nguyên vẹn cao

Từ dữ liệu giải trình tự bộ gene vi khuẩn, KTest có thể cung cấp các phân tích gì ?

Các phân tích GTT bộ gene vi khuẩn bao gồm:

- Lắp ráp, chú giải bộ gene và định danh loài; Lắp ráp và định type plasmid

- Định danh đến chủng dựa trên xác định chủng tương đồng nhất về trình tự từ dữ liệu NCBI

- Phân tích các gene kháng kháng sinh và gene gây độc

- Phân tích các con đường chức năng và chuyển hóa hợp chất thứ cấp

- So sánh tìm sự khác biệt (SNP, Indel) của chủng phân tích và chủng tham chiếu

- Xây dựng cây phát sinh loài

Các phân tích khác theo yêu cầu của khách hàng

Có bao nhiêu cách lắp ráp bộ gene từ dữ liệu NGS ?

Hai cách lắp ráp bộ gene từ dữ liệu NGS là lắp ráp dựa vào một bộ gene tham chiếu và lắp ráp de novo (không sử dụng bộ gene tham chiếu). Mỗi cách lắp ráp sử dụng những công cụ tin sinh học khác nhau và có những ưu và nhược điểm riêng.

*Cách tiếp cận*	*Ưu điểm*	*Nhược điểm*
Lắp ráp dựa trên bộ gene tham chiếu	- Chính xác - Nhanh - Ít tiêu tốn tài nguyên tin học và máy tính - Chú giải và so sánh dễ dàng	- Không phát hiện được gene mới - Cần bộ gene tham chiếu chính xác
Lắp ráp de novo	- Không cần bộ gene tham chiếu - Phát hiện được gene/biến thể mới	- Chất lượng DNA/RNA cần giải có chất lượng - Tiêu tốn nhiều tài nguyên tin học và máy tính - Cần dữ liệu thô chất lượng cao

Người ta thường ưu tiên sử dụng cách lắp ráp dựa trên bộ gene tham chiếu nếu : (1) có được bộ gene tham chiếu phù hợp và đáng tin cậy, và (2) quan tâm đến một đối tượng xác định với bộ gene đã được biết rõ.

Lắp ráp de novo được sử dụng nếu thiếu một bộ gene tham chiếu tốt, và nếu đối tượng nghiên cứu có bộ gene chưa được xác định rõ.

Những yếu tố nào ảnh hưởng đến kết quả lắp ráp bộ gene ?

Hai nhóm yếu tố chính ảnh hưởng đến kết quả và chất lượng lắp ráp bộ gene

(1) Một số đặc điểm bộ gene

- Kích thước bộ gene càng lớn thì dữ liệu giải càng cần nhiều hơn

- Số lượng và phân bố các trình tự lặp lại trên bộ gene có thể dẫn đến lắp ráp sai và đánh giá sai kích thước của vùng trình tự lặp lại

- Hàm lượng GC cao và phân bố không đồng đều dẫn đến kết quả giải với độ phủ thấp ở những vùng này

(2) Các phương pháp thực nghiệm như tách chiết DNA/RNA, nền tảng giải trình tự, xử lý và phân tích dữ liệu giải. Các phương pháp này cần đảm bảo chất lượng và hàm lượng DNA/RNA cần giải, giải trình tự chính xác và phân tích được những vùng khó giải (lặp lại, GC cao, …).

Các nền tảng giải trình tự đoạn dài như PacBio và ONT, riêng lẻ hay kết hợp với những nền tảng giải trình tự đoạn ngắn, có thể giải quyết được những vấn đề liên quan đến những vùng khó giải trên bộ gene.

Wajid B, Serpedin E. Do it yourself guide to genome assembly. Briefings in functional genomics, 2014, 15(1): 1-9.

Victoria D D A, Erik H, Lieven S, et al. Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation. F1000Research, 2018, 7

Để lắp ráp các bộ gene có kích thước nhỏ như bộ gene vi khuẩn, cần giải trình tự đoạn ngắn với dung lượng bao nhiêu ?

Ngay cả khi sử dụng cách lắp ráp de novo vốn cần độ phủ cao, kết quả lắp ráp tốt nhất không phải là với độ phủ cao nhất. Khi đạt đến một ngưỡng nhất định, độ phủ dù có tăng cũng sẽ không cải thiện kết quả lắp ráp. Nhiều công trình nghiên cứu giải trình tự đoạn ngắn đã cho thấy:

- Với bộ gene E. coli, có thể đạt kết quả lắp ráp trên 99% với độ phủ 50X. Khi độ phủ tăng lên 160X, chiều dài các contig (một tiêu chí đánh giá hiệu quả lắp ráp) không tăng thêm.

- Ở các bộ gene có kích thước khác nhau - E. coli (4,6 MB), S. kudriavzevii (11,18 MB) và C. elegans (100 MB) – kết quả cho thấy độ phủ 50X cho kết quả lắp ráp tốt nhất, thể hiện qua các tiêu chí như kích thước trung bình và độ dài tối đa của contig, số lượng contig, số lượng SNP và InDel phát hiện được. Các độ phủ cao hơn không cải thiện đáng kể kết quả.

- Kết quả lắp ráp hai bộ gene vi khuẩn có mức độ phức tạp và hàm lượng GC rất khác biệt, E. coli và S. parasanguinus cho thấy độ phủ 12X – 50X cho kết quả tốt nhất. Và dù có tăng độ phủ đến cỡ nào vẫn sẽ có một phần bộ gene (1,8 – 3,8%) không thể xác định được, trừ phi trình tự giải dài hơn trình tự lặp lại trên bộ gene.

Technical note:Illumina Sequencing. 2009. De novo assembly using Illumina reads

Desai A et al. 2013. Identification of optimum sequencing depth especially for de novo genome assembly of small genomes usingnext generation sequencing data. PloS ONE 8(4): e60204

Chen T-W et al. 2015. Is the whole greater than the sum of its parts ? De novo assembly strategies for bacterial genomes based on paired-end sequencing. BMC Genomics, DOI 10.1186/s12864-015-1859-8

KTest có nhận giải và phân tích trình tự bộ gene virus không ?

Nếu đối tượng cần phân tích là virus gây bệnh, xin điền rõ thông tin vào Phiếu Yêu cầu dịch vụ.

KTest nhận giải và phân tích trình tự bộ gene virus đã tinh sạch. Với mẫu mô nhiễm virus, KTest đề xuất các mức dung lượng giải cho khách hàng lựa chọn. Tuy nhiên, KTest chỉ đảm bảo dung lượng giải nhưng không đảm bảo lắp ráp hoàn chỉnh bộ gene virus mục tiêu vì còn tuỳ vào mức dung lượng lựa chọn và tải lượng virus tồn tại trong mẫu.

Ngoài ra, đối với dịch vụ tách chiết DNA virus, KTest chỉ thực hiện theo quy trình thường quy, không đảm bảo tách chiết đủ DNA vì không kiểm soát được lượng virus đầu vào.

Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest để được tư vấn cụ thể.

KTest có nhận giải và phân tích trình tự bộ gene sinh vật nhân thực không ?

Hiện tại KTest có nhận dịch vụ giải cho tất cả các loại mẫu sinh vật nhân thực. Dịch vụ phân tích tin sinh học KTest cung cấp dịch vụ trên các đối tượng như nấm, lục lạp ở thực vật, tảo và ty thể ở động vật.

Các yêu cầu phân tích chuyên sâu toàn bộ bộ gene của động vật, thực vật KTest không có dịch vụ đại trà, mà cần thảo luận theo từng trường hợp cụ thể.

Nếu quý khách có nhu cầu, xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest để thảo luận phương án khả thi.

Giải trình tự bộ gene lục lạp hoặc ty thể có thu được bộ gene hoàn chỉnh không ?

Nếu chỉ giải bằng công nghệ GTT đoạn ngắn, kết quả có thể thu được bộ gene lục lạp/ty thể hoàn chỉnh hoặc không. Mức độ hoàn chỉnh phụ thuộc vào đặc điểm vùng lặp trên bộ gene, cơ sở dữ liệu tham chiếu, dung lượng giải và tỷ lệ trình tự lục lạp/ty thể,.... Dung lượng giải/mẫu tham khảo: 3-10Gb dữ liệu GTT đoạn ngắn (từ DNA tổng số).

Nếu mục tiêu thu nhận bộ gene lục lạp/ty thể hoàn chỉnh có thể cân nhắc giải bổ sung với công nghệ GTT đoạn dài. Dung lượng/mẫu tham khảo: 1Gb dữ liệu đoạn ngắn + 0,25-0,5Gb dữ liệu đoạn dài.

KTest có tách chiết DNA lục lạp/ty thể không ?

Không, KTest chỉ nhận tách chiết DNA tổng số (bao gồm cả DNA nhân) và giải trình tự DNA tổng này. Sau đó, các công cụ tin sinh học sẽ được sử dụng để thu nhận và lắp ráp bộ gene lục lạp/ty thể.

Kết quả giải WGS gồm những kết quả quả gì ? KTest có bảng kết quả mẫu không ?

Có. Phần lớn các dịch vụ của KTest có các kết quả mẫu (demo) và giải thích kết quả cho các dịch vụ phân tích cơ bản.

Kết quả mẫu WGS: https://www.ktest.vn/gtt-bo-gene
Webinar và video giải thích report: https://www.youtube.com/@ktestscienceco.ltd.1429/featured
Liên hệ bộ phần CSKH KTest nếu quý khách cần thông tin bổ sung.

Giải trình tự WGS giá bao nhiêu 1 mẫu ?

Chi phí dịch vụ phụ thuộc nhiều yếu tố như loại mẫu, số lượng mẫu, GTT đoạn ngắn hay dài, dung lượng, các yêu cầu về phân tích tin sinh học, …

Khách hàng có thể trải nghiệm GTT WGS vi khuẩn chỉ từ 1,x - 2,x triệu/mẫu; WGS nấm/lục lạp/ty thể chỉ từ 4,x triệu/mẫu.

Xin liên hệ với bộ phận CSKH KTest để nhận được tư vấn và báo giá phù hợp tại https://www.ktest.vn/tu-van

CÂU HỎI THƯỜNG GẶP - GIẢI TRÌNH TỰ BỘ GENE (WGS)

Bài đăng gần đây

Bình luận