Giải trình tự bộ gene

GIẢI TRÌNH TỰ TOÀN BỘ BỘ GENE

Giải trình tự toàn bộ bộ gene (Whole genome sequencing, viết tắt là WGS) là kỹ thuật cho phép xác định toàn bộ hoặc gần như toàn bộ trình tự DNA bộ gene và/hoặc DNA plasmid, DNA ty thể, DNA lục lạp của một sinh vật xác định. Kết quả cung cấp các thông tin về đặc điểm phân loại, di truyền, tiến hóa và dự đoán chức năng của sinh vật đó. Các thông tin này là một phần quan trọng trong các nghiên cứu y học, dịch tễ, sinh thái học và công nghệ sinh học. Trong lĩnh vực vi sinh, giải trình tự bộ gene là một công cụ thiết yếu để phát triển chủng và tối ưu hóa vi sinh vật được sử dụng làm nguyên liệu thực phẩm hoặc làm chủng sản xuất.

CÁC DẠNG GIẢI TRÌNH TỰ BỘ GENE

WGS vi sinh vật

Giới thiệu:

WGS nhằm thu nhận toàn bộ trình tự bộ gene vi sinh vật, dữ liệu lớn cho phép phân tích nhiều đặc điểm bộ gene của vi sinh vật.

DNA bộ gene của vi sinh vật được thu nhận và giải trình tự với độ phủ sâu, sau đó tiến hành lắp ráp để thu nhận bộ gene hoàn chỉnh hay bản thô, bao gồm cả DNA plasmid. Các phân tích tin sinh học có thể thực hiện ở mức cơ bản đến nâng cao để thu được các thông tin giá trị.

Nền tảng giải trình tự:

Giải trình tự đoạn ngắn (Illumina/MGI/Pacbio/...) và/hoặc Giải trình tự đoạn dài (Oxford Nanopore), dung lượng giải phụ thuộc vào kích thước bộ gene.

Dữ liệu DNA thu được:

Toàn bộ trình tự DNA nhân và plasmid của vi sinh vật với độ phủ cao.

Kết quả nhận được:

- Kết quả lắp ghép và chú giải bộ gene

- Định danh loài dựa trên thông tin bộ gene

- Phân tích đặc điểm cụ thể: kháng kháng sinh, con đường biến dưỡng,...

Thời gian trả kết quả:

4-6 tuần

Low-pass WGS

Giới thiệu:

Giải pháp GTT bộ gene hiệu quả về chi phí, phù hợp với quy mô lớn, giúp phát hiện các biến thể di truyền trong hệ gene của nhiều loài. So với các phương pháp genotyping truyền thống, LP-WGS tăng khả năng phát hiện các biến thể hiếm mới với độ chính xác thống kê cao hơn và dữ liệu phong phú hơn. Trong LP-WGS, bộ gene được GTT với độ phủ thấp (0,1 – <5X) thay vì 30 – 50X như GTT bộ gene đúng chuẩn, sau đó, sử dụng các phương pháp thống kê — như nội suy kiểu gene (imputation) — để suy luận thông tin kiểu gene còn thiếu.

Nền tảng giải trình tự:

Giải trình tự đoạn ngắn (Illumina/MGI/Pacbio/...) với dung lượng giải thấp, phụ thuộc vào kích thước bộ gene.

Dữ liệu DNA thu được:

Các trình tự DNA có độ phủ thấp

Kết quả nhận được:

- Bộ biến thể di truyền

- Chỉ số đa dạng di truyền quần thể

- Phân tích tương quan kiểu gene - kiểu hình, ứng dựng trong chọn giống phân tử

Thời gian trả kết quả:

Tùy theo dự án

Xem thêm thông tin chi tiết

Giải trình tự DNA ty thể

Giới thiệu:

DNA ty thể là DNA mạch đôi, dạng vòng. Bên cạnh mã hóa cho các chức năng quan trọng của ty thể, ở một số loài, DNA ty thể cho phép định danh, nghiên cứu bệnh và đa dạng sinh học.

DNA ty thể được phân lập riêng và giải trình tự, hoặc giải WGS với dung lượng cao và sử dụng các công cụ tin sinh học thu nhận trình tự DNA ty thể.

Nền tảng giải trình tự:

Giải trình tự đoạn ngắn (Illumina/MGI/Pacbio/...).

Dữ liệu DNA thu được:

Bộ gene ty thể với độ phủ phụ thuộc vào mật độ ty thể, dung lượng giải.

Kết quả nhận được:

- Bộ gene ty thể

- Định danh loài hoặc chủng

- Nghiên cứu bệnh di truyền thông qua gene ty thể

- Nghiên cứu đa dạng sinh học, tiến hóa

Thời gian trả kết quả:

4-6 tuần

Giải trình tự DNA lục lạp

Giới thiệu:

Lục lạp là bào quan thiết yếu của thực vật. Bộ gene lục lạp độc lập với bộ gene nhân, có vai trò trong tổng hợp diệp lục. Bằng cách nghiên cứu bộ gene lục lạp, các nhà nghiên cứu có thể xác định đặc điểm sinh học, tiến hóa, định danh, đa dạng sinh học và lai giống,...

DNA lục lạp được phân lập riêng và giải trình tự, hoặc giải WGS với dung lượng cao và sử dụng các công cụ tin sinh học phát hiện DNA lục lạp.

Nền tảng giải trình tự:

IGiải trình tự đoạn ngắn (Illumina/MGI/Pacbio/...) và/hoặc Giải trình tự đoạn dài (Oxford Nanopore).

Dữ liệu DNA thu được:

Bộ gene lục lạp có mức độ hoàn chỉnh và độ phủ phụ thuộc vào mật độ lục lạp, dung lượng giải, hệ thống giải và đặc điểm bộ gene lục lạp.

Kết quả nhận được:

- Bộ gene lục lạp

- Định danh loài hoặc chủng.

- Nghiên cứu đa dạng sinh học, tiến hóa.

Thời gian trả kết quả:

4-6 tuần

QUÝ KHÁCH SẼ NHẬN ĐƯỢC

Tùy thuộc vào yêu cầu cụ thể, quý khách sẽ nhận được những kết quả phân tích cũng như dịch vụ khác nhau. Dưới đây là một số kết quả hoặc dịch vụ quý khách có thể nhận được:

Kết quả định danh loài hoặc chủng theo phương pháp WGS
Bộ gene lắp ráp và chú giải tự động các gene.
Kết quả phân tích độ tương đồng nucleotide giữa bộ gene đang phân tích với các bộ gene đã có trong cơ sở dữ liệu.
Ngoài ra, chúng tôi cũng có thể thực hiện các phân tích khác, chuyên biệt hơn theo yêu cầu, như xác định phytogenetics, xác định các hệ gene chức năng,…
Báo cáo tóm tắt phương pháp, quy trình thực hiện.
Các kết quả phân tích khác theo yêu cầu khách hàng.
Tư vấn quy trình chuẩn bị mẫu, kết quả và tham gia công bố kết quả nếu khách hàng có yêu cầu.