Đề tài
Giải trình tự Metagenomics
Mục tiêu:
Phân tích, so sánh thành phần, độ đa dạng cả hệ vi sinh vật đất của 2 mô hình canh tác: lúa-lúa và luân canh lúa-tôm ở Sóc Trăng
Cách tiếp cận:
DNA tổng số trong mẫu đất của hai mô hình canh tác được thu nhận. Trình tự gene 16S rRNA được nhân bản và giải trình tự trên hệ thống Illumina (16S metagenomics). So sánh dữ liệu gene thu nhận được với cơ sở dữ liệu để xác định thành phần vi sinh vật hiện diện.
Kết quả:
Nhóm vi sinh chỉ thị ở 2 mô hình canh tác lúa-lúa và lúa-tôm có tỷ lệ khác nhau : Firmicutes (28.6 và 62.9%), Actinobacteriota (22.4 và 9.5%), Chloroflexi (18.8 và 4.1%), Myxococcota (9.4 và 9.5%), và Acidobacteriota (4.4 và 0.6%). Tỷ lệ hiện diện phyla ở mô hình lúa-tôm đa dạng hơn mô hình thâm canh lúa.
Công bố:
Nghiên cứu đã được công bố trên tạp chí https://doi.org/10.1128/MRA.00595-21
Hình: (A) kết quả phân tích thành phần vi sinh vật trong mẫu; (B) kết quả dự đoán chức năng của vật liệu di truyền trong mẫu
Đơn vị hợp tác nghiên cứu: Trường Đại học Cần Thơ