Nghiên cứu bộ gene hoàn chỉnh của chủng vi khuẩn Helicobacter pylori GD63 sử dụng kết hợp 2 công nghệ giải trình tự thế hệ mới Illumina và Nanopore MinION (ONT)

Đề tài

Giải trình tự bộ gene


Mục tiêu:

----


Cách tiếp cận:

Chủng H. pylori được phân lập, nuôi cấy và tách chiết DNA. DNA được giải trình tự bằng công nghệ nanopore với trình tự đọc dài giúp lắp ráp khung hệ gene. DNA đồng thời được giải bằng công nghệ Illumina thu nhận được trình tự chính xác. Phân tích tin sinh học nhằm lắp ráp bộ gene hoàn chỉnh và chú giải chức năng của bộ gene H. pylori.


Kết quả:

Lắp ráp thành công bộ gene hoàn chỉnh của chủng H. pylori GD63 1,6 Mbp và plasmid 8.9 Kbp. Chủng này mang các gene đảo sinh bệnh CagPAI và gene độc VacA và thuộc dòng hpEAsia.


Công bố:

Nghiên cứu đã được công bố trên tạp chí:

https://journals.asm.org/doi/10.1128/MRA.01412-18

Untitled-1-03.jpg

Hình: bộ gene của chủng H. pylori GD63 1,6 Mbp và plasmid 8.9 Kbp

Đơn vị hợp tác nghiên cứu: Trường Đại học Khoa học tự nhiên - ĐHQG-HCM